由于砷化鎵生產方式和傳統的硅晶圓生產方式大不相同，砷化鎵需要采用磊晶技術制造，這種磊晶圓的直徑通常為4—6英寸，比硅晶圓的12英寸要小得多，磊晶圓需要特殊的機臺才行，同時砷化鎵原材料成本高出硅很多，鎵比較稀缺，砷又是有毒物質，所以成本也會相應高昂。

其次，其電池的衰減也是成本高昂的佐因之一。

電池衰減
 

傳統薄膜太陽能電池由于工藝原因一般顏色更深，這就意味著其熱效應就更嚴重，根據實測數據，早期的薄膜太陽能電池一般性衰減在10%以上，特別是在使用的頭幾年呈現高速衰減狀態，最高能達到20%左右，所以一般廠家會采用低標的辦法去銷售沖減。例如150W標稱100W進行銷售。即使是砷化鎵電池也需要充分降溫，才能保證其發電效率和減緩熱衰減。

封裝復雜
 

砷化鎵較硅質在物理性質上要更脆，這一點使得其加工時比容易碎裂，所以，通常的做法是把其制成薄膜，并使用襯底（常為Ge［鍺］），來對抗其在這一方面的不利，但是也增加了技術的復雜度。薄膜電池的工藝決定了它的封裝面板不能使用鋼化玻璃，一般是使用雙層普通玻璃封裝，生產過程貨損與安裝損壞率相對較高，另外這種封裝模式使其散熱問題更加嚴重，直至目前這個問題都難以解決。